生物环境因子与鱼类养殖有极为密切的关系。有些水生生物对鱼类的增殖有利，这表现在：第一，水生生物为鱼类提供饵料，如在浮游动物中，多种原生动物、轮虫和剑水蚤等可以作为鱼苗、鱼种和鳙鱼的适口饵料；在浮游植物中，金藻、硅藻和黄藻等可供鲢鱼滤食；各种底栖动物如螺、蚌、水生昆虫和水蚯蚓等可作为青鱼和鲤鱼的优质饵料。第二，水生植物的光合作用有利于改善水质，为鱼类提供氧气。值得注意的是在水体中，有些水生生物对鱼类的增殖有害。如池塘水体中微囊藻大量繁殖死亡后分解产生有毒物质，会使鱼类中毒死亡；池底青泥苔过多时会大量吸收养分使水质变瘦；卵甲藻寄生鱼体内引起“打粉病”等。浮游生物具有一定色泽。浮游生物的多少，影响水色和透明度。在温度适宜，水体越肥，水体中浮游生物数量越多，水体颜色越深，透明度越小。一般来说，颜色呈油绿色或淡褐色，透明度在20～30厘米的水体较肥，适宜于养殖滤食性鱼类。如果水体透明度大于60厘米，则水体较瘦，适宜于养殖给食性鱼类。